Procedure

 

1.  Follow ( https://vlab.amrita.edu/index.php?sub=3&brch=311&sim=1835&cnt=2) to install R in personal computer.
2. Install the SeqinR package.
3. To load “SeqinR” R package follow > library("seqinr") 
4.  For retrieving a specific sequence with particular NCBI accession, use R function “getncbiseq()”.

                                              

                                              > getncbiseq <- function(accession)
                                             {
                                             require("seqinr") # this function requires the SeqinR R package
                                               # first find which ACNUC database the accession is stored in:
                                               dbs <- c("genbank","refseq","refseqViruses","bacterial")
                                               numdbs <- length(dbs)
                                              for (i in 1:numdbs)
                                             {
                                             db <- dbs[i]
                                            choosebank(db)
                                             # check if the sequence is in ACNUC database 'db':
                                            resquery <- try(query(".tmpquery", paste("AC=", accession)), silent = TRUE)
                                            if (!(inherits(resquery, "try-error")))
                                            {
                                          queryname <- "query2"
                                           thequery <- paste("AC=",accession,sep="")
                                          query(`queryname`,`thequery`)

                                          # see if a sequence was retrieved:
                                          seq <- getSequence(query2$req[[1]])
                                         closebank()
                                         return(seq)
                                         }
                                        closebank()
                                        }
                                     print(paste("ERROR: accession",accession,"was not found"))
                                      }
 

 

EXAMPLE

 

 

1. After entering function getncbiseq() into R, user can retrieve a sequence using NCBI Nucleotide database, for example  accession NC_001477. 
2.  Follow the code 

                        > dengueseq <- getncbiseq("NC_001477")

       3.   Here dengueseq represented a variable, a vector included nucleotide sequence. 

 

Procedure to work the simulator

 

 

1.  Follow the code in the command window: 

 

library("seqinr")  # Load seqinr package in R
choosebank("genbank") # ChossingGenBank for the sequence
choosebank("refseqViruses") # Choosing the sub database which we want to search
test_query<- query("Dengue1", "AC=NC_001477") # querying and setting the name and passing accession number
attributes(test_query) # for viewing the attriutes of query()
dengueseq<- getSequence(test_query$req[[1]]) # get the dna sequence
seqname<- getName(test_query)
#write.fasta(sequences = dengueseq, names = seqname, file.out="denguevirus.fasta")

 

 

                       

 

                                                            R console for querying NCBI database in R

 

Note

 

This experiment retrieves the sequence data directly from the NCBI database using R programming. Using the choosebank() function in the ‘seqinr’ library the R platform connects to the GenBank database. Using the R programming, user can retrieve and save the species specific sequence data in a variable.